Gundam Seed commence onze mois après le début de la guerre
entre humains et coordinateurs. Une troupe de Zaft a pénétré
dans la communauté d'Héliopolis et a découvert que cinq Mobils
Armors ont été crées avec la technologie d'Orb pour le compte de
l'Alliance terrienne. Ils envoient alors cinq soldats dans le but
de voler chacun un appareil. Mais l'affrontement tourne mal et
Kira Yamato un adolescend de 16 ans, est contraint de monter à
bord de l'un d'entre eux, le Strike, pour permettre aux habitants
d'Héliopolis d'évacuer avant l'explosion de la base. A peine monté
à bord, il reprogramme l'engin et montre sa supériorité sur les autres.
Il découvre aussi que sont meilleur ami Aslan Zala fait partie des
forces de Zaft venues pour voler le Gundam Aegis. Après la destruction
d'Heliopolis, Kira et le Mobil Suit rentrent sur l'Archangel, un vaisseau
de combat créer pour acceillir les Mobils Suit. Les forces de Zaft
partent alors à la poursuite de l'Archangel, afin de le récupérer, ainsi
que le dernier Mobile Suit en possession de Kira.